El proceso inicia con un examen preselectivo al que son invitados todos los estudiantes del estado, inscritos en 3er grado de secundaria o hasta el cuarto semestre de bachillerato, esta primera etapa se desarrolla a finales de mayo y principios de Junio.
Consiste de dos exámenes, el primero permite preseleccionar a 50 jóvenes y el segundo reduce el grupo a la mitad, siendo estos 25 jóvenes, junto con un segundo grupo similar de jóvenes que son seleccionados a partir del Examen Preselectivo que se realiza en conjunto con el Concurso Regional de Física y Matemática, los que son invitados a participar en un entrenamiento intensivo desarrollado en sesiones a distancia y presenciales en las instalaciones del Departamento de Física de la Universidad de Sonora, a partir del mes de Junio.
Durante el entrenamiento intensivo, se aplican exámenes eliminatorios que reduce el grupo original a 10-12 jóvenes que son invitados a la segunda fase de este entrenamiento intensivo, al finalizar esta etapa, un siguiente examen eliminatorio permite definir a los 4 jóvenes que representarán a Sonora en la Olimpiada Nacional.
Este grupo de 4 seleccionados recibe entrenamiento intensivo durante el mes de octubre y hasta la partida a la Olimpiada Nacional de Física que, generalmente, se realiza en la tercera semana de Noviembre, en sedes anunciadas con anticipación por parte de la Sociedad Mexicana de Física A.C.